Организация научно-исследовательской работы в ВУЗе ориентирована на развитие основных научных направлений Филиала как базиса для повышения качества подготовки квалифицированных специалистов с высшим образованием, развитие международного сотрудничества в научной сфере, повышение качества образовательного процесса на основе привлечения студентов и слушателей к научно-исследовательской работе, внедрения элементов научной деятельности в учебный процесс, укрепления связи учебного процесса с научной работой Филиала.
Научно-исследовательская деятельность преподавателей ведется в соответствии с планами кафедр. Основными формами научной работы в филиале являются выполнение как фундаментальных, так и прикладных научно-исследовательских работ; разработка учебников, учебных пособий, монографий, написание диссертаций, статей, подготовка докладов, научных отчетов, сообщений, рецензий, заключений и других научно-методических материалов; выполнение научно-технических работ по разработке компьютерных учебников и учебных пособий; подготовка и проведение научных конференций, семинаров, совещаний, творческих дискуссий и обобщение их результатов.
Для активизации научной деятельности ППС и студентов, оценки ее результатов созданы научные школы: Экономическая теория – (региональное представительство); Народонаселение и экономика труда, Финансы и кредит. Сложившиеся научные школы имеют значительный научный потенциал для решения актуальных проблем социально-экономического развития.
Особенно следует отметить научную школу Филиала в области народонаселения и экономики труда, возглавляемую директором Филиала проф. Абдурахмановым К.Х.
Кафедра «Экономическая теория» Филиала является региональным представительством научной школы «Экономическая теория» РЭУ им. Г.В. Плеханова, руководителем которой является заслуженный деятель науки РФ, д.э.н., проф. Журавлёва Г.П., руководителем от Филиала – к.э.н. Ходжаева М.Я.
В 2015 году на базе кафедры «Финансы и кредит» была создана научная школа «Финансы и кредит», руководителем которой является д.э.н., проф. Хамидулин М.Б.
В 2022 году начал свою работу новый Коллегиально-совещательный орган – Научно-методический совет. В состав Научно-методического совета вошли ведущие учёные Филиала. Научно-методический совет возглавила заведующая кафедрой «Экономика труда и управление» д.э.н., проф. Зокирова Н.К. в качестве Председателя.
В рамках научно-исследовательской работы преподаватели Филиала проводили исследования в соответствии со своими научными интересами по заданиям государственных научно-технических и фундаментальных программ исследований, грантам и инициативным тематикам.