Организация научно-исследовательской работы в ВУЗе ориентирована на развитие основных научных направлений Филиала как базиса для повышения качества подготовки квалифицированных специалистов с высшим образованием, развитие международного сотрудничества в научной сфере, повышение качества образовательного процесса на основе привлечения студентов и слушателей к научно-исследовательской работе, внедрения элементов научной деятельности в учебный процесс, укрепления связи учебного процесса с научной работой Филиала.
Научно-исследовательская деятельность преподавателей ведется в соответствии с планами кафедр. Основными формами научной работы в филиале являются выполнение как фундаментальных, так и прикладных научно-исследовательских работ; разработка учебников, учебных пособий, монографий, написание диссертаций, статей, подготовка докладов, научных отчетов, сообщений, рецензий, заключений и других научно-методических материалов; выполнение научно-технических работ по разработке компьютерных учебников и учебных пособий; подготовка и проведение научных конференций, семинаров, совещаний, творческих дискуссий и обобщение их результатов.
Для активизации научной деятельности ППС и студентов, оценки ее результатов созданы научные школы: Экономическая теория – (региональное представительство); Народонаселение и экономика труда, Финансы и кредит. Сложившиеся научные школы имеют значительный научный потенциал для решения актуальных проблем социально-экономического развития.
Особенно следует отметить научную школу Филиала в области народонаселения и экономики труда, возглавляемую директором Филиала проф. Абдурахмановым К.Х.
Научная школа Филиала “Экономическая теория” на кафедре «Макроэкономическая политика и устойчивое развитие» является региональным представительством научной школы «Экономическая теория» РЭУ им. Г.В. Плеханова, руководителем которой является доктор экономических наук, доктор исторических наук, профессор ЕГОРОВ В.Г., руководителем от Филиала – к.э.н. Ходжаева М.Я.
В 2015 году на базе кафедры «Цифровые финансовые экосистемы» была создана научная школа «Финансы и кредит» , руководителем которой является д.э.н., проф. Хамидулин М.Б.
В 2022 году начал свою работу новый Коллегиально-совещательный орган – Научно-методический совет. В состав Научно-методического совета вошли ведущие учёные Филиала. Научно-методический совет возглавила заведующая кафедрой «Экономика труда и стратегический менеджмент» д.э.н., проф. Зокирова Н.К. в качестве Председателя.
В рамках научно-исследовательской работы преподаватели Филиала проводили исследования в соответствии со своими научными интересами по заданиям государственных научно-технических и фундаментальных программ исследований, грантам и инициативным тематикам.